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mngs/tngs再升级:追踪新冠病毒最新变异!

2023-01-07 阅读数:360

截至2023年1月6号,covid-19已造成全球670万人死亡,6.62亿人确诊[1],是人类历史上大规模流行病之一。


科学家们以史无前例的速度研发疫苗,但病毒变异的速度远超我们想象,最早在武汉出现的毒株几乎消失不见,随之而来的是连续不断的变异株:alpha、beta、gamma、delta、omicron等等。



当前,全球共享流感数据倡议组织 (gisaid) 开放平台上,新型冠状病毒总基因序列数目总计达到14,463,569[2],现阶段国内流行株为omicron ba.5.2和bf.7,最近陆续出现新型毒株bq.1和xbb,但尚未形成大规模传播。



新型冠状病毒在进化过程中,传播力和免疫逃逸能力逐渐增加,致病性和毒力逐渐降低,基于新冠病毒当前的发展阶段,2022年12月26日,国家卫健委发布了《关于印发对新型冠状病毒感染实施“乙类乙管”总体方案的通知》[3]提出自2023年1月8日起对新型冠状病毒感染实施“乙类乙管”。



华银康集团作为第三方医学检验机构,始终牢记让人们的生活更健康的使命,积极响应国家政策号召,努力提升增值服务。现已完成新冠分型的研发,1月8日正式上线!



产品升级点

1

mngs宏转录组学(rna)新增新型冠状病毒鉴定及分型检测


可覆盖5种主要毒株谱系及其亚型检测:包括alpha(≥10种亚型)、beta(≥8种亚型)、gamma(≥25种亚型)、delta(≥300种亚型)、omicron(≥789种亚型),共计3000 变异株亚型。


检测方法:将非人源序列与gisaid数据库收录的毒株进行比对,按照nextstrain和pangolin的分型方法进行病毒谱系分析并鉴定新冠病毒变异信息。


检测阈值:新冠病毒载量越高,分型结果越准确。mngs宏转录组学(rna)检出的新冠序列数大于3000即可分型;部分样本序列数大于1000也可分型。


报告展示:

病原宏转录组检测报告


2

四种常规tngs产品,全面实现对新型冠状病毒的检测

检测方法:以新冠病毒参考基因组(nc_045512. 2)为基础设计特异性引物,在设计引物时需避开其它亚型的多态性位点,同时还需要避免与原有病原体的引物发生相互作用。新冠病毒通用型引物设计完成之后,加入原本tngs引物体系中,经过重复性、一致性、检测下限等性能确认,最终实现对新冠的检测。



报告展示:

靶向病原微生物检测(tngs)报告


tngs产品新冠分型检测正在努力研发中,敬请期待!


本次升级加量不加价,以期助力新冠病毒的精准鉴定、分型以及变异追踪,为人们的健康生活尽一份绵薄之力。


华银康感染性疾病综合诊断中心

感染性疾病综合诊断中心以病原宏基因组测序(mngs)、病原体靶向测序(tngs)技术为核心,联合常见感染指标检测、显微镜检、pcr检测、质谱检测、免疫学检测、全自动化流水线微生物培养与药敏鉴定,形成优势互补的综合诊断平台;依托南方医科大学南方医院感染专家顾问团队,以临床患者诊疗需求为导向,形成特色的临床诊断路径,为不同感染症候群体提供更快、更全、更准的一站式感染综合诊断服务。




[1]covid-19 dashboard by the center for systems science and engineering (csse) at johns hopkins university (jhu).arcgis. johns hopkins university.

[2]全球共享流感数据倡议组织(gisaid) gisaid - gisaid.org

[3]http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202212/e97e4c449d7a475794624b8ea12123c6.shtml