新品推介｜华银康引进bd rhapsody单细胞转录组测序技术
2023-01-04 阅读数：275
成年人全身细胞总数超过40万亿，细胞类型至少100种，而传统转录组获得的是细胞群整体的基因转录信息，忽略了组织中不同细胞内基因表达信息，即细胞异质性问题。
华银康集团高通量测序检测中心引进bd rhapsody?单细胞分析平台，提供从方案设计、测序实验和数据分析为一体的一站式单细胞转录组高通量测序服务，支持生物医学研究者实现科研目的和提升科研高度，帮助深入揭示疾病发生发展机制，助力开发创新治疗靶点。
1
技术介绍
单细胞测序则是将细胞群或者组织块分离成单个细胞并分别标记，最终获取每个细胞的转录本信息。通过单细胞测序可以帮助研究者从单个细胞水平上对疾病发展中免疫应答、肿瘤异质性和器官发育等方面进行深入探究。
2
应用方向
?? 肿瘤研究
探究肿瘤及免疫微环境细胞的异质性；
探究肿瘤的耐药机制、筛选肿瘤治疗的靶向药物；
?? 神经生物学
对神经进行细分，提供细胞间通信相关信息，为疾病治疗提供更多思路；
?? 免疫学研究
进行准确的免疫细胞亚型分类，为免疫学研究和相关疾病的治疗提供依据；
?? 科研方向
揭示基因表达及细胞间通讯对器官或组织发育的影响；
构建单细胞转录组图谱，研究关键细胞群和基因的致病机理、发病机制。
3
技术优势
?? 采用特有的蜂窝板微孔捕获技术
具有广范围细胞通量和高达80%的微孔板捕获率，而且通过自然沉降方式捕获细胞，条件温和，对细胞损伤极小，有助于捕获和分析脆弱细胞；
?? 可视化实验质控流程
可视化细胞解离-细胞标记-细胞捕获数量全过程，有效保证实验成功率；
?? 实现多个样本的平行标记
提高样本通路同时减少双胞率，天然屏蔽和减少样本间批次效应；
?? 对细胞的大小要求更为宽容
直径50μm的微孔体系可友好兼容各种动植物绝大多数细胞或原生质体粒径；
?? 实现同一系统内多组学整合
实现同一次实验、同一平台、同一样本、同一磁珠乃至同一个细胞的转录组、蛋白组和免疫组库多样本的多组学系统；
?? 与流式分析数据高度相关
通过联合bd流式细胞分析，实现单细胞所见即所得的高效分析。
4
送样指导
组织样本以组织保存液或液氮速冻方式保存；
血液样本量多于3 ml，如用于多组学研究建议5 ml以上；
细胞样本量多于3×106；
细胞尺径范围在5 μm-50 μm；
细胞活性需大于80% 。
5
项目流程
6
结果展示
图1 小鼠脾脏单细胞转录组图谱。约5000个细胞被装载到bd rhapsody?单细胞分析系统工作流，获得的单细胞转录谱数据经t-sne投影后细胞亚群的细胞类型被注释，包括树突状（dc）、滤泡型b（fo b）和生发中心b（gc b）等13类细胞类型。
7
应用案例
英文标题：single‐cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders
发表期刊：cell & bioscience（2021; if=5.03）
甲状腺乳头状癌（ptc）是甲状腺癌（tc）的主要病理类型，其中性别是影响ptc患者表型的重要因素之一。在本文中，研究者从4名男性ptc患者、7名女性ptc患者和3名结节性甲状腺肿患者身上获取组织样本，通过基于bd平台的单细胞rna测序（scrna-seq），表征了涉及性别的ptc单细胞转录组景观。
研究者发现，在男性和女性ptc患者中，恶性上皮细胞被分成了两个不同的细胞亚群，这两个亚群表现显着差异的dna拷贝数变异（cnv）、基因表达谱和细胞分化轨迹。除此之外，成纤维细胞和内皮细胞与恶性上皮细胞的相互作用网络、人白细胞抗原（hla）家族的成员及其受体的表达上调被认为是女性ptc患者的典型特征，而转化生长因子β1（tgfb1）及其受体的表达上调是男性ptc患者的典型特征。上述结果表明，不同性别的ptc患者组织在细胞分群和免疫细胞浸润特征上存在显著差异，包括细胞分化状态和细胞的基因表达谱。
图2 14例患者经bd rhapsodytm单细胞分析系统工作流所绘制的单细胞转录图谱。
peng, m., wei, g., zhang, y. et al. single-cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders. cell biosci 11, 39 (2021). https://doi.org/10.1186/s13578-021-00549-w
