广州华银健康医疗集团股份有限公司-凯发k8娱乐官方网址

全国总部咨询电话: 400-888-1223 | 员工通道
微信二维码
返回顶部

新闻

news center

客户中心
在线留言
申请单下载

咨询热线: 400-888-1223

华银精准医疗服务——免疫组库测序及分析

2016-06-17 阅读数:9012

免疫组库(immune repertoire,ir)是指某个个体在任何特定时间点其循环系统中所有功能多样性b淋巴细胞和t淋巴细胞的总和。t细胞和b细胞分别介导机体的细胞免疫和体液免疫应答,分别通过其表面的t细胞受体(tcr)和b细胞受体(bcr)来识别和结合抗原,进而发挥功能清除病原体或体内肿瘤细胞。免疫组库是机体免疫系统的完全反映,对免疫组库分析,可以全面评估机体的免疫状态。

免疫组库测序应用


免疫组库的全面测序为免疫组库多样性变化特点的生物标志物发现、肿瘤等疾病疗效预测、疾病的易感性和抵抗性、感染性疾病及疫苗研究等方面带来重要进展。其中,在癌症疫苗单独用于微小残留病的治疗方面,通过探索阻滞免疫检测点或运用免疫刺激剂的方式应用于转移性疾病的治疗,尝试多种联合方式,如化疗药物 疫苗、疫苗 生物标志物、疫苗 il微粒、疫苗 佐剂等,最终设计优化出能够取得长期临床效应的集成免疫治疗方案。例如,在微小残留病检测方面,白血病治疗后,常有微小残留病,流式细胞术基本检测不到。利用高通量测序分析免疫组库监控,对比正常人群的免疫组库和白血病病人的免疫组库序列,通过大数据分析找出白血病相关致病克隆,可以相对精确地判断出病人体内白血病细胞数量,从而及时指导白血病的临床治疗及用药。
免疫组库高通量测序是通过多重pcr或5′race法扩增tcr/bcr全长或cdr3区序列(主要是tcr的β链或bcr的重链),再结合高通量测序技术,对机体免疫组库的多样性及每种t、b细胞克隆的独特性序列组成和变化进行分析,从而全面评估机体的免疫状态,明确疾病与t、b细胞克隆组成及变化之间的关系。免疫组库高通量测序技术强大的信息通量可大大提高抗原特性异tcr和bcr鉴别的效率和准确性,结合免疫组库高通量测序技术的特异性tcr/bcr鉴别技术必将得到广泛应用和快速发展,并大大提速免疫治疗领域的进展。
广州华银健康科技有限公司肿瘤精准医疗高通量测序公共服务平台,围绕肿瘤精准医疗开发出了系列针对实体瘤药物靶标基因检测、遗传性肿瘤基因检测、血液肿瘤分子病理检测、肿瘤基因组检测、循环肿瘤dna检测、免疫组库(tcr、bcr)高通量测序及分析等项目研发技术流程,并建立对应的技术流程及实验室质量标准化管理体系,定期开展国家卫计委室间质评活动。

 

服务包括:
1)测序数据质量评估:去除原始数据(raw data)中的无效序列,获得有效测序数据(clean data)
2)克隆的鉴定与计数:与imgt数据库比对,确定v、d、j基因片段,并对克隆进行鉴定,去除组库扩增及高通量测序过程中引入的错误序列,对得到的可信序列计数,并以excel表格的形式提供给研究者(如表1),便于研究者结合项目的临床数据进行深入的分组分类统计分析,如比较疾病组与对照组v、j等基因种类组成的差异。

表1. 文库测序结果分类计数

3)不同v/d/j基因使用频率:对每个样本中鉴定到的v、d、j基因进行计数和频率的计算并绘图(如图1),统计分析找出频率上有显著差异的v、d、j基因,并以excel表格的形式提供给研究者,便于进一步分类统计分析。

图1. v基因使用频率


4)不同v/d/j基因组合频率:对每个样本中鉴定到的v和j基因组合以及v、d和j基因组合进行计数和频率的计算,统计分析找出频率上有显著差异的v和j基因组合以及v、d和j基因组合,并以excel表格的形式提供给研究者(如下图),便于进一步分类统计分析。


表2.v和j基因组合

 

表3.v、d和j基因组合

5)独特克隆型频率:对每个样本中鉴定到的独特克隆型(unique clonotype)cdr3核苷酸及氨基酸序列进行计数和频率的计算,并以excel表格的形式提供给研究者(表1),便于研究者结合样本的临床数据进行深入的分组分类统计分析,如独特cdr3克隆型数量的差异、独特克隆型数量与临床资料包括年龄性别等的差异等。对每个样本独特cdr3克隆所占百分比频率绘图,统计前5个最高频率克隆所占比例(图2)。

图2.独特cdr3克隆所占百分比频率


6)cdr3长度分布:对每个样本中鉴定到的独特克隆型,分析其cdr3氨基酸的长度分布(图3)。

图3.cdr3氨基酸的长度分布


7)样本间cdr3氨基酸序列的相关性、相似性和多样性评估:根据样本间独特cdr3氨基酸序列计算样本间文库的相关性和相似性(图4),评估比较样本组间独特cdr3克隆多样性差异(图5)。

图4.样本间文库的相关性

图5.样本组间独特cdr3克隆多样性差异


8)样本间共有克隆分析:根据样本间独特cdr3氨基酸序列计算样本共有vdj基因组合及cdr3氨基酸序列的数量和比例(图6、7、8)。

图6.同一患者不同部位样本v/d/j基因组合的共有克隆及所占比例

图7. 同一患者不同部位样本cdr3氨基酸序列共有克隆及所占比例

图8.全部样本中cdr3氨基酸序列共有克隆及所占比例


华银免疫组库高通量测序及分析技术优势:
1)由武汉大学、中山大学、南方医科大学以及美国斯坦福大学研究人员组成的专业的研究和分析团队,保证研究结果的可信度和可重复性;
2)用免疫组库扩增最可靠的5′race法,保证结果的可靠性和后期研究的方便性;
3)用最优选最可靠的扩增和建库试剂,保证组库序列扩增的保真性和扩增效率;
4) 针对不同样品类型(细胞、组织、全血),不同浓度梯度细胞数(100个以上淋巴细胞)均可建库测序;
5) 运用国际认可的专业的免疫组库分析模块,并结合我们自己独有的生物信息分析算法,所提供的标准化的分析流程即可满足科研或临床所需。另外我们还可提供数据的深度分析服务;
6) 根据项目研究目的不同,可选择不同的测序平台(miseq或hiseq)和策略,从而节约经费,得到最满意的性价比;
7) 可提供外周血单个核细胞(pbmc)的分离、特异性淋巴细胞的分选;
华银高通量测序服务平台自是广东省唯一一家拥有丰富医学背景提供科研高通量测序服务的企业。平台已获得cnas iso15189医学实验室国际质量认可、美国cap实验室认可,不仅可以提供可靠的测序数据,还可以量身定做的数据分析服务,为医学科研疾病研究提供全方位服务,从上游的高通量筛选和下游的基因分子机制功能研究甚至到临床转化的合作,我们都可以参与提供贴心周到的服务。
目前华银高通量测序服务平台为推进免疫组库的临床项目的研发与转化应用,为推动精准医学、医学检测外包服务及相关医疗产业的发展提供凯发k8娱乐真人旗舰厅的技术支持,对免疫组库测序服务提供买三送一活动,即向华银送检测序分析三个样品,免费获赠一个样品服务。截止时间为7月30日。 服务详情咨询:董老师 020-38917464。

 

华银肿瘤精准医疗高通量测序平台